คณะเกษตรศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มหาวิทยาลัยนเรศวร เดิมชื่อ คณะเกษตรศาสตร์ ได้จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2536 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร ทบวงมหาวิทยาลัย (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2536

ทั้งนี้เพื่อให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7 โดยมุ่งเน้นจะเพิ่มคุณภาพประชากรทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีให้เหมาะสมกับความต้องการทางสังคมและท้องถิ่น ซึ่งต้องการบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถทางด้านวิทยาศาสตร์การเกษตรในการพัฒนาประเทศและท้องถิ่นมากขึ้น โดยเฉพาะในเขตภูมิภาคภาคเหนือตอนล่าง

ต่อมาในวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2539 ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร ทบวงมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2539 โดยได้เปลี่ยนชื่อคณะจาก คณะเกษตรศาสตร์ เป็น คณะเกษตรศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

คณะเกษตรศาสตร์ เป็น คณะเกษตรศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มหาวิทยาลัยนเรศวร มุ่งเน้นพัฒนาผลิตบัณฑิตด้านเกษตรศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม โดยเปิดสอนในหลักสูตรการศึกษาทั้งในระดับปริญญาตรี โท และเอก